Der Inkunabelbestand der Diözesanbibliothek stammt überwiegend aus säkularisierten Klosterbibliotheken, sowie aus Nachlässen, testamentarischen Verfügungen und Ankäufen. Besonders zahlreich sind u.a. die Inkunabeln aus der Konventsbibliothek der Kreuzherren zu Hohenbusch und aus der Bibliothek der Aachener Karmeliten. Der thematische Schwerpunkt der Sammlung liegt auf Köln und dem Umland, sowie der Kölner Druckergeschichte. Neben Köln sind auch andere bekannte Druckorte der damaligen Zeit vertreten, wie Straßburg, Venedig, Paris oder Basel. Die Diözesanbibliothek besitzt derzeit 430 Inkunabeln (Stand 02.12.2020).
Inkunabeln, die digitalisiert werden haben, meist einen unikalen Wert, sodass die Zugänglichkeit für ein breiteres Publikum von Vorteil ist.