Der Inkunabelbestand der Diözesanbibliothek stammt überwiegend aus säkularisierten Klosterbibliotheken, sowie aus Nachlässen, testamentarischen Verfügungen und Ankäufen. Besonders zahlreich sind u.a. die Inkunabeln aus der Konventsbibliothek der Kreuzherren zu Hohenbusch und aus der Bibliothek der Aachener Karmeliten. Der thematische Schwerpunkt der Sammlung liegt auf Köln und dem Umland, sowie der Kölner Druckergeschichte. Neben Köln sind auch andere bekannte Druckorte der damaligen Zeit vertreten, wie Straßburg, Venedig, Paris oder Basel. Die Diözesanbibliothek besitzt derzeit 430 Inkunabeln (Stand 02.12.2020).
Inkunabeln, die digitalisiert werden haben, meist einen unikalen Wert, sodass die Zugänglichkeit für ein breiteres Publikum von Vorteil ist.
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- [Straßburg] : [Mathis Hüpfuff], [um 1504; nicht nach 1507]
- Biondo, Flavio ; Campanus, Johannes Antonius ; Pius <II., Papst>Venetiis : Thomas de Blavis, 1484.06.28
- Straßburg : [Johann Grünninger], V. Id. Oct. [11. Oktober] 1489
- Antonin <Florenz, Erzbischof, Heiliger>[Köln] : Johann Koelhoff der Ältere, [um 1473]
- Antonin <Florenz, Erzbischof, Heiliger>[Köln] : [Peter ter Hoernen], [um 1486]
- [10. Juni 1473]
- Paulus <de Castro>[Rom] : [Wendelinus de Wila, Theobald Schenkbecher und Johann Reinhard], [10. Juni 1473]
- Mit ExemplaGerardus <de Vliederhoven>Deventer : Jakob von Breda, 6. Dezember 1494
- Gerardus <de Vliederhoven> ; Dionysius <der Kartäuser>[Köln] : [Johann Koelhoff <d. Ä.>], [um 1476]
- Gerardus <de Vliederhoven> ; Dionysius <der Kartäuser>Antwerpen : Gerard Leeu, [15 Apr. 1488]
- [mit Narratiuncula]Thomas <von Aquin, Heiliger> ; Nicolaus <de Lyra>[Köln] : [Arnold ter Hoernen], [ca. 1476]
- Ägidius <Bourges, Erzbischof>Köln : Johann Koelhoff d. Ä., ipso die S. Calixti, 14. X. 1490
- [Rom] : [Stephan Plannck], [um 1490]
